Conforme señala la Ley Orgánica de Sanidad Agropecuaria en el artículo 12, De la regulación y control, y su reglamento, se crea la "Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario", que reemplaza la denominación de "Agencia Ecuatoriana de Aseguramiento de la Calidad del Agro".

A esta entidad técnica de derecho público, con personería jurídica, autonomía administrativa y financiera, desconcentrada, con sede en Quito y competencia nacional, adscrita al Ministerio de Agricultura y Ganadería, le corresponde la regulación y control de la sanidad y bienestar animal, sanidad vegetal y la inocuidad de los alimentos en la producción primaria a fin de mantener y mejorar el estatus fito y zoosanitario de la producción agropecuaria, tiene las siguientes competencias:

• Prevenir el ingreso y diseminación de plagas, así como controlar y erradicar las plagas y enfermedades cuarentenarias y no cuarentenarias reglamentadas de los vegetales y animales.
• Diseñar y promover normas de buenas prácticas de sanidad agropecuaria.
• Regular y controlar el uso de medicamentos veterinarios y de sus residuos en productos de origen animal y la aplicación preventiva de antibióticos, y otros competentes que puedan afectar la salud humana.
• Desarrollar los estándares, procedimientos y requisitos para la acreditación de las personas naturales o jurídicas responsables de los procesos de capacitación, inspección y certificación de las normas de buenas prácticas de sanidad agropecuaria por parte del organismo de acreditación ecuatoriana.
• Certificar y autorizar las características fito y zoosanitarias para la importación de plantas, productos vegetales, animales, mercancías pecuarias y artículos reglamentados de manera previa a la expedición de la autorización correspondiente.
• Elaborar el catálogo público nacional de plagas y enfermedades de vegetales y animales.
• Diseñar y mantener el sistema de vigilancia epidemiológica y de alerta sanitaria, así como de vigilancia fitosanitaria que permita ejecutar acciones preventivas para el control y erradicación de las enfermedades de los animales terrestres y de plagas de plantas, productos vegetales y artículos reglamentados.